无奈之下，高宗皇帝只得亲书手诏于韩世忠道：“知卿已到秀州，远来不易。朕居此极安宁。苗傅、刘正彦本为宗社，始终可嘉。卿宜知此意，遍谕诸将，务为协和以安国家。”
苗傅等人执书告退，出宫之后苗傅以手加额道：“乃知圣天子度量如此！”于是立即遣杭州兵马钤辖张永载持手诏到韩世忠军中。
韩世忠观手诏后良久方言道：“主上即复位，事乃可缓。不然，吾以死决之。”张永载将其言语回报，苗、刘二将听后面如土色，只得派兵前去抵抗。
吕颐浩、张浚军先后到达临平，并以韩世忠为先锋，直往杭州。苗翊、马柔吉负山阻河为阵，中流植鹿角，梗行舟。世忠舍舟力战，张俊继之，刘光世又继之。贼军少却，韩世忠复舍马操戈而前，令将士曰：“今日当以死报国，面不被数矢者皆斩。”于是将士士皆用命。贼军列神臂弩持满以待，韩世忠嗔目大呼，挺刃突前，苗翊所部人马被其胆气所摄，未及放箭，阵型已乱，于是大败而逃。
此时杭州城中，朱胜非等对太后言道：“臣等召苗傅、刘正彦等到都堂，谕以今国家多事，干戈未弭，当急防秋之计，睿圣皇帝宜还尊位、总万机，苗傅等一皆听从。”
太后点头下诏曰：“甚契吾心，可依所请。”朱胜非于是率百官上第一表，请高宗皇帝还宫，被其婉拒。
随后太后诏谕高宗皇帝入宫相见道：“今日朔日，宜入见禁中。”
高宗皇帝回道：“臣疾作，已奉表起居，容臣望日趋诣。”
太后无奈，又下诏道：“嗣君冲幼，强敌未宁，事尤急于防秋，理难安于垂箔。臣僚恳请，不可重违，宜复御朝，以安中外。
百官再次上奏请求复辟，高宗皇帝答道：“太后垂帘，当共图国事；不然，不敢独当。”太后诏谕许之。
百官三表奉请，高宗皇帝始出睿圣宫，百宫于宫外跪迎。高宗皇帝来至殿外，犹豫再三，仍未肯进。朱胜非再请，于西廊外把笏板插在腰间，亲自搀扶高宗皇帝上马回宫，杭州百姓夹道焚香，众情大悦。
高宗皇帝回宫后与太后同御前殿，太后垂帘。高宗下诏道：“朕顾德弗类，遭时多艰，永惟责躬避位之因，专为讲好息民之计。今露章狎至，复辟为期，朕惟东朝有垂帘保佑之劳，元子有践阼纂承之托，太后宜上尊号曰隆祐皇太后，嗣君宜立为皇太子。所有三月六日赦书应干恩赏等事，令有司疾速施行。”并下诏尊太后为隆祐皇太后，立嗣君为皇太子。又下诏任苗傅为淮西制置使，刘正彦副之。复年号为建炎。
苗、刘二将知各路勤王兵马已至，恐被秋后算账，便面见高宗皇帝，请设盟誓，两不相害，又请赐金劳遣，高宗皇帝皆准。苗、刘二将退诣都堂，趣赐铁券，朱胜非命所属检详故事，如法制造。随后二人引精兵二千，与部将十数人夜开涌金门而去。
韩世忠、张俊、刘光世率兵入城，行至宫门。韩世忠欲入，其部将张介道：“不可，虽闻二贼已去，尚未可知。”
此时高宗皇帝闻得诸将入城，心中欢喜，步行至宫门迎接。方一见面，便执韩世忠之手恸哭道：“中军吴湛佐逆为最，尚留朕肘腋，能先诛乎？”
韩世忠道：“陛下勿忧，叛臣皆诛，以正国法！”于是便召吴湛前来。吴湛不知何意，来到跟前，韩世忠见状，不动声色上前握住吴湛之手。吴湛正在疑惑，突然手上剧痛，只见韩世忠一脸阴沉，喝道：“汝胆色甚好，竟敢从贼逼宫！”
吴湛闻言大惊，急忙甩手想要逃脱，但韩世忠力大，紧握其手不放。吴湛虽百般挣扎，却是脱之不出。韩世忠心中愤恨，手上更加用力，忽听吴湛惨叫一声，原来中指竟被韩世忠生生捏断。
见吴湛疼痛倒地，缩做一团。门下禁卫见状将韩世忠团团围住，其凛然不惧，按剑叱之，众禁卫无敢动者。韩世忠随即下令，将吴湛与王世修于当街斩首，号令于宫门外。
随后吕颐浩、张浚大军也已入城，自此苗刘兵变平息，高宗皇帝终于放下心来，回想这些时候自己每日如坐针毡，生怕某日便人头落地之心情，不禁心中后怕。心中暗下决心，定不可使外将独专其军，须有心腹精锐时刻拱卫禁宫。
待得心绪稍宁，高宗皇帝诏谕封赏，追赠王渊开府仪同三司。起复定国军承宣使、带御器械、鄜延路马步军总管、御营平寇左将军韩世忠为武胜军节度使，充御营左军都统制。宁武军承宣使、带御器械、秦凤路马步军副总管、御营前军统制张俊为镇西军节度使，充御营右军都统制。秘阁修撰、知平江府汤东野充徽猷阁待制。朝奉大夫、知常州周杞充右文殿修撰：自馀将佐，咸进官二等。
随后张浚进言道：“逆臣苗傅、刘正彦引兵遁走，请行下诸州，生擒傅、正彦者，白身除观察使，不愿就者赏钱十万缗，斩首者依此。搏获王钧